Il finanziamento del Piano regionale di sviluppo rurale 2000-2006 è stato garantito dalle risorse dell'Unione Europea (112 milioni di euro), dello Stato (133 milioni di euro) e della Regione Liguria (42 milioni di euro). Attraverso questa programmazione sono state attivate azioni per l'economia rurale che vanno dal sostegno agli investimenti nelle aziende agricole, all'insediamento dei giovani in agricoltura, ai centri di trasformazione e commercializzazione dei prodotti, all'agro-ambiente e alle infrastrutture rurali, alla forestazione e alla lotta agli incendi boschivi.
La Liguria si afferma come regione leader per la capacità di investimento prodotta dagli aiuti comunitari del Psr. Distribuendo anche i fondi non utizzati da altre regioni sono stati erogati il 137% di premi e contributi rispetto alle risorse pre-assegnate: invece dei 210 milioni di euro assegnati ne sono stati così utilizzati 287, con un totale di investimenti attivati di 470 milioni di euro. Ne hanno beneficiato oltre novemila aziende, cooperative ed enti operanti nel settore agricolo e nella gestione del territorio. Più di duemila i giovani sotto i quarant'anni che hanno usufruito degli incentivi per avviare o sostenere un'attività agricola.
Caratteristica della pianificazione ligure è stata la scelta di investire l'80% delle erogazioni per misure di tipo strutturale, quindi di investimento alle aziende e solo il 20% in premi di mantenimento. Questo dato riflette la sinergia tra un territorio capace di investire in nuove imprese e le scelte strategiche operate dalla politica agricola regionale. La Regione Liguria ha incrementato in modo consistente nel 2005 e 2006 le risorse destinate allo sviluppo rurale portando il proprio apporto finanziario da 4,5 milioni di euro dell'anno 2004 a 12 milioni di euro del 2006. Il settore ortofloricolo ha ricevuto il 50% degli investimenti, quello olivicolo l'11% e la zootecnia il 14%.
Particolare attenzione è stata posta non solo all'entità della somma erogata, ma anche alla qualità delle procedure di gestione e controllo, così come certificato al termine dei controlli attuati in Italia dalla Commissione europea negli anni scorsi e che solamente per la Regione Liguria si sono conclusi senza sanzioni. Il mondo agricolo ligure si conferma come settore dinamico, in continua trasformazione e ricco di aziende che operano attivamente in un'agricoltura di mercato sempre più competitiva. Questa tendenza sarà alla base della nuova fase di programmazione dei fondi comunitari dal 2007 al 2013.