Scopo del laboratorio è quello di effettuare diagnosi fitopatologiche, cioè identificare le avversità che provocano le malattie dei vegetali.
La prima e più immediata analisi è quella visiva che consente di individuare e riconoscere i parassiti eventualmente presenti sul campione. Si stabilisce così la sintomatologia della pianta, indirizzando eventualmente la ricerca del patogeno verso esami più approfonditi. Spesso il patogeno, pur provocando i sintomi, non si manifesta con evidenza sugli organi colpiti, occorre perciò cercare di "farlo uscire allo scoperto" per poterlo isolare e riconoscere.

Il servizio di diagnosi fitopatologica ha quattro finalità principali:

• esamina i campioni prelevati dagli ispettori fitosanitari durante le attività di controllo
• esamina i campioni presentati dai coltivatori o dai tecnici del settore
• risponde a richieste di consulenza fitosanitaria da parte di enti locali
• svolge attività di diagnosi a scopo sperimentale e dimostrativo.